Das Spiel Isoball 3 wird nur mit der linken Maustaste gespielt, darum ist es leicht zu handhaben. In jedem Level muss der Spieler die Gegenstände im unteren Bild so platzieren, dass die rote Kugel beim Starten ohne Probleme ins Loch rollt. Dabei darf die Kugel nicht zerplatzen. Das richtige Platzieren der Gegenstände wird ebenfalls mit der linken Maustaste ausgeführt. Ist ein Gegenstand falsch platziert, kann die linke Maustaste den Gegenstand löschen und er kann erneut benutzt werden.