Im Spiel Mushroom Madness 3 beginnt der Spieler, mithilfe eines einfachen Schlägers die Tiere daran zu hindern, die Pilze zu klauen. Mit jedem Tier, das getötet wird, bekommt der Spieler Münzen gutgeschrieben, mit diesen Münzen kann er nach jedem Level seine Ausrüstung verbessern. Einen besseren Schläger oder zusätzliche Waffen kann er im Shop kaufen. Die zusätzlichen Waffen befinden sich unter den Kisten, die zerschlagen werden müssen, damit sie genutzt werden können. Alle Aktionen werden nur mit dem Anklicken der linken Maustaste ausgeführt.