Das Spiel Sift Heads – Assault wird mit einer Kombination aus Maus und Tastatur gespielt. Mit der Maus wird die Pistole gesteuert, das Zielen wird mit den Bewegungen der Maus ausgeführt, zum Schuss wird die linke Maustaste gedrückt. Der Ninja läuft mit den A und D Tasten nach rechts und links, mit der W Taste springt er über Hindernisse, mit der S Taste rollt er über den Boden. Durch die Leertaste kann der Ninja auch im Nahkampf gegen Gegner bestehen.