Die Steuerung von Mario bzw. Yoshi wird komplett mit der Tastatur erledigt. Um die Figuren durch die Welten von Super Mario Flash 2 zu führen, benötigt man die Pfeiltasten. Sie lassen Mario/Yoshi nach links und rechts laufen oder Springen (Pfeil nach oben). Mit der Leertaste kann Mario schießen und Yoshi seine Zunge heraus strecken und Gegner fressen. Wenn eine Schildkröte ihren Panzer verloren hat, kann Mario ihn bei gedrückter X-Taste ausnehmen und durch Loslassen gegen Blöcken oder andere Gegner schleudern. In der Weltkartenansicht wird Mario ebenfalls mit den Pfeiltasten bewegt. Ein Druck auf die Leertaste startet die jeweilige Welt.