Germz wird nur mit der linken Maustaste gespielt. Um Spielsteine zusammen zu führen, muss der Spieler den Spielstein anklicken, den er verschieben will und den Spielstein anklicken, der mit dem ausgewählten Spielstein getauscht werden soll. Auf der rechten Seite befindet sich ein Zeitbalken, der sich langsam mit roter Farbe füllt. Erreicht der Spieler das nächste Level, fängt der Zeitbalken erneut an, sich zu füllen. Hat die Farbe das obere Ende des Zeitbalkens erreicht, ist das Spiel verloren. Je weiter der Spieler in den Spielstufen kommt, desto schneller füllt sich der Zeitbalken.