Bubble Pop wird nur mit der Maus gespielt. Zu bewegen der Spielfigur muss die Maus lediglich nach links oder rechts bewegt werden. Aus dem Helm der Spielfigur erscheint beim Klick der linken Maustaste eine Spitze, die nach oben schießt und mit der die Blasen zerstochen werden. Extraleben werden ebenfalls mit der Spitze eingesammelt. Wird eine Blase getroffen, platzt sie in kleinere Blasen auseinander, die ebenfalls zerstochen werden müssen. Diese Blasen sind ziemlich schwer zu zerstechen, da sie sich auch schneller bewegen, als die großen Blasen. Keine der Blasen dürfen die Spielfigur berühren, da sonst das Spiel sofort als verloren gilt.