Durch einen Klick auf das entsprechende Ei kann der Spieler in The Eggs Mystery nacheinander die Reihenfolge festlegen. Möchte er ein Ei austauschen, genügt ein Klick auf das Ei, um es wieder zu entfernen. Hat man sich für eine Kombination entschieden, muss auf den grünen Button geklickt werden. Schwarze Punkte zeigen an, dass ein Ei auf der richtigen Position ist und die grünen Punkte zeigen an, dass das richtige Ei gewählt, aber an der falschen Stelle platziert wurde. Sollte kein farbiger Punkt auftauchen, ist das ausgewählte Ei nicht unter den gesuchten Eiern.